故事主軸以「最大的敵人將是自己」暗示了蜘蛛人即將面臨內心黑暗勢力的挑戰。身兼蜘蛛人和攝影師的彼得帕克要在女友瑪莉珍和自己的英雄身分之間找到平衡外，另一方面，過度的自負和膨脹也讓他走火入魔，累積的負面能量讓他變身成黑蜘蛛。 除了要克服內在心魔，好友哈利為了報復殺父之仇，不惜反目化身成「綠惡魔二世」猛力攻擊蜘蛛人。同時，殺害叔父的凶手竟逃獄變身成來無影去無蹤的「沙人」，加上受到黑蜘蛛人邪惡力量傳染突變的毒怪，接二連三的惡勢力包圍攻擊，預告了蜘蛛人即將面臨前所未有的嚴峻挑戰！